有关翁同龢开缺的真实原因，比较通行的说法是因为翁氏支持皇帝变法、举荐康有为而激怒了慈禧太后，故强令光绪帝将翁罢职。同时也与太后的心腹重臣刚毅、荣禄从中构陷相关。这样的表述很容易将翁的开缺与满汉矛盾联系起来。虽然，当时翁同龢与朝中满洲权贵多不融洽，但也因人而异，他们对翁的态度并非完全一致。

戊戌年春策动将翁罢职最有力者是军机大臣刚毅而非荣禄。由于康有为、梁启超在政变后极力攻击荣禄，将其视为慈禧发动政变的帮凶。[3]受其影响，人们多将荣禄视为排挤翁氏的主要人物，这与实际情况是不符的。

从当事人的角度看，翁同龢本人认为刚毅是此事的直接推动者。翁开缺后，虽自称“人臣黜陟，皆属天恩”[4]，内心却别有考量，对构陷排挤他的幕后人物有所暗示。戊戌年五月十二日，也即翁即将离京的前一天晚上，孙家鼐（燮臣）、徐郙（颂阁）两位老友前来话别，很晚才离去。孙、徐似乎向翁氏透露了什么消息，使翁显得感慨万千。他在这天的日记中写道：“晚燮臣、颂阁来话别，直至戌正二（刻）乃去，真深谈矣。余何人也，仿佛谢迁之去耶？为之一叹！”[5]这段话，暗藏着翁氏对自己被开缺原因的看法。20世纪70年代，台湾学者黄彰健先生最先对翁氏这段深含隐意的话进行了解读：明朝嘉靖年间内阁辅臣杨一清曾用计策排挤走了比自己资历深厚的谢迁。翁同龢显然是用这个典故来暗示自己是遭到同人排挤才离职的。[6]这位同僚正是刚毅。翁离京后，其侄孙翰林院编修翁斌孙向叶昌炽透露，翁之开缺，“木讷令兄（指刚毅——引者注）有力焉”。[7]这说明翁同龢认定自己是遭刚毅排挤而罢官的。翁氏门人沈曾植《寄上虞山相国师》诗云：“松高独受寒风厄，凤老甘为众鸟侵。”又云：“睚眦一夫成世变，是非千载在公心。”[8]所谓“睚眦一夫”亦指刚毅。唐文治也认为系刚毅从中作祟。[9]

诚然，翁同龢在戊戌年被罢官，原因是多方面的。慈禧、光绪对翁各有不满意的地方，而翁氏自乙未后以帝师之尊柄国，内政外交决策俱有参与。因列强为借款、租港事处处挑衅，引发严重的外交危机，清廷进退两难，翁氏身为枢垣领袖，自然难辞其咎。翁的开缺根本上说是由最高统治者决定的。但出于为尊者讳的考虑，翁本人对此避而不谈，将刚毅的排挤视为主要原因。这也不无理由，至少刚毅对翁的排挤应是重要原因之一。

刚毅与翁同龢均系光绪二十年（1894年）甲午战争开始后进入军机处的。甲午六月十三日翁同龢与礼部尚书李鸿藻先奉命与军机大臣等会议韩事，十月初六日他们二人便与刚毅一起在军机大臣上行走。十月十九日原军机大臣额勒和布、张之万致仕，退出军机处。十一月初八日慈禧又命复出的恭王奕入枢，主持政务。这使得甲申易枢后孙毓汶隐操朝政的局面逐步瓦解。光绪二十一年乙未（1895年）六月初五日，声名狼藉的孙毓汶以养病为由请求开缺获准，六月十六日孙氏的追随者徐用仪也被勒令退出枢垣；同时，军机章京出身的礼部左侍郎钱应溥被任命在军机大臣上行走。至此，新的中枢班底形成。其中，恭王、礼王在枢垣地位较高，但事权则归诸翁同龢、李鸿藻等汉官，刚毅则因资历浅显，对决策很难有发言权。

许多材料称，刚毅得以入枢与翁氏力荐有关。但翁氏推举刚毅入枢隐含深层寓意。据军机章京王彦威回忆，时朝廷拟选一名满员入枢，确定在荣禄和刚毅之间选择。翁建言，刚毅“木讷可任”，“刚遂入直”。[10]翁同龢乘机将与自己有潜在竞争实力、为人机警的荣禄拒之于枢垣外，却将自认为“木讷”的刚毅援引为同列，这说明，从一开始翁对刚毅即有轻视之意。平时枢臣讨论军政事宜，恭王等亦多与翁商议，刚毅常常受到冷落。刚毅偶有过失，翁氏“恒面规之”，[11]似不留情面，缺乏同僚间应有的尊重。这些平常不易为人重视的小小过节久而久之积成了难以释怀的个人恩怨。刚毅对翁尤有成见，而且带有鲜明的满汉成见。乙未年十二月二十日，他在会晤传教士李提摩太的秘书时表示，“他对皇帝没有任何影响力，因为翁一手遮天。在内阁里（应指军机处——引者注），汉族官员独行其是，甚至恭亲王和礼亲王都无足轻重。他声言，翁同龢把皇帝引进了一团黑暗里，蒙蔽了他的双眼”[12]。这番言论充满了对翁的不满和仇视。

翁与皇帝的特殊关系同样遭到其他枢臣的猜忌。因有毓庆宫授课的差事，身为师傅的翁同龢“每早先至书房，复赴军机处，颇有各事先行商洽之嫌”。[13]军机处恭王、礼王和李鸿藻都很有看法。光绪二十二年丙申（1896年）正月十三日，受到枢臣的怂恿，慈禧下令裁撤汉书房，从此翁失去了与皇帝单独商议朝政的机会，只能在每日见起时与诸臣同时被召见。这使枢臣之间权力格局暂时得以平衡。光绪二十三年丁酉（1897年）六月二十五日李鸿藻病逝，八月十五日翁同龢补任李留下的协办大学士，在军机处中成为仅次于恭王、礼王，在汉族官员中权高位重的关键人物。戊戌年春，恭、礼二王与钱应溥因病常请假不入直，二月，因军机缺人，令左都御史廖寿恒入枢。此时翁同龢成为实际上的军机领袖，他与刚毅的矛盾也开始激烈起来。四月，困境中的翁同龢最终丧失太后信任时，刚毅便落井下石，且不遗余力。据称，翁开缺的谕旨即由刚毅所拟，宣旨之日适为翁氏六十九岁生辰，实因“先有成见以辱之者”。[14]

相反，没有直接材料说明，在翁氏开缺过程中荣禄曾有过推动。戊戌年四月二十二日，荣禄由兵部尚书、协办大学士升为大学士，管理户部事务。五天后，翁同龢被开缺，荣禄则被任命为直隶总督，荣的升迁与翁的罢黜属于同一批职务调整。但这不能直接说明荣禄对翁有过排挤。翁离京前，荣禄前后两次派人到翁府慰问，并赠送厚礼，翁氏开始坚持谢绝，稍后还是接受了荣禄的馈赠，[15]并于五月十一日再次致函答谢。[16]可见，戊戌年春朝局中翁同龢与荣禄的关系并不像人们通常想象的那样紧张。但是，这也不等于荣禄对翁毫无成见，在戊戌年春徐桐、张之洞等人发起的“倒翁”政潮中，荣禄也是参与者之一。